檢查精子畸形率高，但仍然懷孕，此時需要進行其他檢查，以明確是否為胚胎停育、生化妊娠、先兆流產(chǎn)、甲狀腺功能異常等情況導(dǎo)致。

1、胚胎停育：如果精子畸形率高，但仍然可以正常懷孕，可以進一步檢查血HCG、孕酮，B超檢查以及自身癥狀，如是否有腹痛、陰道流血等癥狀，如果出現(xiàn)胚胎停育，則需要盡早終止妊娠;

2、生化妊娠：即隱性流產(chǎn)，可能會導(dǎo)致不來月經(jīng)，但通過檢查發(fā)現(xiàn)精子畸形率高，仍然可以懷孕。一般不需要進行特殊治療，但需要注意多加休息，避免過度勞累，也可以遵醫(yī)囑服用黃體酮軟膠囊等藥物進行治療;

3、先兆流產(chǎn)：檢查精子畸形率高，但仍然懷孕，此時建議做孕酮和B超檢查以及血HCG，如果出現(xiàn)宮腔內(nèi)出血等情況，則可能是先兆流產(chǎn)導(dǎo)致，建議遵醫(yī)囑使用黃體酮軟膠囊、地屈孕酮片等藥物進行保胎治療;

4、甲狀腺功能異常：甲狀腺功能異常時也可能會導(dǎo)致不孕、月經(jīng)紊亂等癥狀，從而出現(xiàn)精子畸形率高，但仍然懷孕的情況。此時需要在醫(yī)生指導(dǎo)下使用丙硫氧嘧啶片等藥物進行治療，必要時需要終止妊娠。

除上述情況外，如果男性存在生殖系統(tǒng)感染、精索靜脈曲張等，也可能會導(dǎo)致精子畸形率高，但仍然懷孕的情況。建議及時就診進行治療，比如存在感染時，可以遵醫(yī)囑使用注射用頭孢曲松鈉等抗生素藥物進行抗感染治療。